Con người chính là kẻ thù lớn nhất của loài chồn Pekan. Nạn chặt phá rừng đi kèm với việc săn bắt lấy lông, con vật này đã bị đẩy đến bên bờ tuyệt chủng vào đầu thế kỉ 20. Loài chồn Pekan đã biến mất nhiều năm nay. Chúng không còn xuất hiện ở Massachusetts. Nó được cứu thoát khỏi nạn tuyệt chủng ở vùng Đông Bắc và miền trung phía tây. Mới đây nó đã di cư đến vùng ngoại ô Hoa Kỳ. Thống kê số lượng về chúng rất khó thực hiện bởi không dễ gì nhìn thấy chúng trong khi chưa hề có một nghiên cứu trên diện rộng nào. Con số chồn Pekan bị chết trên đường cùng với sự hiện diện của chúng ở các vùng đất mới đã chỉ ra rõ ràng số lượng chồn Pekan đang tăng lên.